Пистолет Вальтер П-99 появился в 1996 г. Его выпускали в двух модификациях: калибра 9 мм Парабеллум (шестнадцатизарядная) и .40 СВ (двенадцатизарядная). У этой модели есть несколько характерных отличительных особенностей. Внушительных размеров кнопка в задней части затвора-кожуха служит для безопасного спуска взведенного после заряжания ударника. С правой стороны затвора-кожуха размещен выбрасыватель, служащий индикатором наличия патрона в патроннике (для большей наглядности на него нанесена красная точка). Сигнальный штырек в задней части затвора-кожуха — так же с красной точкой — служит указателем взведенного ударника. Рамка пистолета выполнена из полимерной пластмассы. К задней поверхности рукоятки можно присоединять накладки разной толщины, с помощью которых пистолет подгоняют по руке. Двусторонняя защелка магазина расположена позади предохранительной скобы спускового крючка.

Рычаг разборки и затворная задержка находятся на левой стороне рамки. В передней части рамки (с обеих сторон) имеются гнезда для присоединения лазерных и световых прицелов и целеуказателей. Запирание ствола осуществляется по схеме Браунинга-Петтера. Стандартный пистолет П-99 покрывали матовым черным защитным слоем. Предназначался этот вариант для полиции. Общая длина варианта калибра 9 мм Парабеллум — 180 мм, высота — 135 мм, ширина — 29 мм, длина ствола — 102 мм, масса — 630 г. Усилие на спусковом крючке при стрельбе самовзводом — 4000 г, в режиме одинарного действия — 2000 г.
Общая длина модификации калибра .40 СВ — 184 мм при длине ствола 106 мм. Масса пистолета — 655 г.